Ξαφνικά και χωρίς κανένας να περιμένει το επίγειο τέλος του, το βράδυ της Κυριακής 8 Νοεμβρίου 1920, γύρω στις 10.30', παρέδωσε το πνεύμα στον Πλάστη του προς Αιωνία Ανάπαυση και χαρά και το σεπτό του σκήνωμα στους πιστούς, προς Αγιασμό. Τότε έγινε και το πρώτο του θαύμα μετά την Οσία Κοίμησή του: Όταν οι νοσοκόμες και η Μοναχή Ευφημία ετοίμαζαν το τίμιο και μυροβόλο από εκείνη την ώρα Λείψανο και απόθεσαν τη φανέλα του στο διπλανό κρεβάτι, ο εκεί νοσηλευόμενος ασθενής, που έπασχε από παράλυση των κάτω άκρων, έγινε αμέσως καλά! Επίσης, σύμφωνα με προσωπική μαρτυρία του γιατρού Καραπλή, που τότε ως φοιτητής της Ιατρικής ασκούνταν στο Αρεταίειο Νοσοκομείο, μετά την εκδημία του Αγίου, οι γάζες, που είχαν χρησιμοποιηθεί ευωδίαζαν και γι' αυτό δεν τις πέταξαν, αλλά τις έθαψαν. Από την ώρα εκείνη το κρεβάτι του Αγίου δεν δόθηκε, επί έξι μήνες, σε κανένα ασθενή. Επειδή σήμερα ο θάλαμος νοσηλείας του έχει χωρισθεί σε μικρά δωμάτια, ο χώρος, όπου ήταν το κρεβάτι του, βρίσκεται στο δωμάτιο 2 και στη νοτιοδυτική του γωνία, κοντά στο παράθυρο. Ένα εικονοστάσι ψηλότερα, με διαρκώς αναμμένο το καντήλι, υπενθυμίζει τον τόπο της τελευτής ενός μεγάλου Αγίου.
Από το βιβλίο του Σοφοκλή Δημητρακόπουλου: ''Ο Άγιος Νεκτάριος Πενταπόλεως - η πρώτη Αγία μορφή των καιρών μας. Ιστορική Βιογραφία βασισμένη σε αυθεντικές πηγές''.